PRM（Parallel Reaction Monitoring）作为靶向蛋白质组学的重要工具，具备高特异性、高灵敏度和优异的定量重现性，广泛应用于生物标志物验证、机制研究和临床样本定量分析。然而，高质量PRM数据的获取不仅依赖于质谱平台与实验流程的优化，更离不开标准化、严谨的数据处理策略。本文将系统介绍PRM蛋白质组学数据处理的完整流程，从原始数据导入到定量报告输出，帮助科研人员高效、准确地解读PRM数据。

一、PRM蛋白质组学原始数据采集与格式说明

PRM数据通常通过高分辨率质谱仪（如Orbitrap Exploris系列）获取，输出的原始文件格式为 （Thermo平台）或（SCIEX平台）。这些文件记录了每一个靶标母离子的碎片离子全扫描信息，是后续定量分析的基础。.raw.wiff

二、数据处理软件选择

Skyline平台 Skyline 是目前最常用于PRM蛋白质组学数据分析的开源软件，具备：

1、多平台兼容（支持Thermo、SCIEX、Agilent等数据格式）

2、多碎片离子图谱可视化

3、支持稳定同位素内标校准

4、灵活的定量参数设定与批量导出功能

三、PRM数据处理的标准流程

1、构建分析目标列表（Peptide Targets）

（1）导入目标蛋白对应的肽段序列，可从数据库（UniProt、ProteomeTools）获取或由DDA、DIA实验筛选得出。

（2）设置酶解规则、肽段长度、修饰类型、前体电荷状态等筛选参数。

2、导入原始数据文件

（1）将 文件导入Skyline。.raw

（2）软件自动匹配肽段的前体/碎片离子，根据设定的质量窗口提取XIC（Extracted Ion Chromatogram）。

3、手动审查峰形与积分范围

（1）查看每个肽段对应的碎片离子XIC图。

（2）调整积分起止点，确保与内标肽对齐，避免共洗脱离子干扰。

4、定量离子选择与评估

（1）通常选取响应强、信号稳定、峰形对称的2~4个y离子用于定量。

（2）可利用“dotp”值（图谱相似度）评估信号可信度。

5、内标校准与标准曲线建立

（1）使用稳定同位素标记肽（SIL）进行绝对定量，计算目标/内标的面积比。

（2）对于多点定量项目，可绘制标准曲线，评估线性范围与定量下限（LLOQ）。

6、数据标准化与批间校正

（1）使用QC样本（质控样本）监测仪器稳定性。

（2）可应用Normalization策略（如总峰面积归一、内标比值归一）消除系统误差。

7、结果导出与统计分析

（1）导出肽段水平或蛋白水平定量矩阵（.csv格式）。

（2）可导入R语言、Python或Perseus平台进行差异分析、聚类、可视化等下游统计处理。

四、PRM蛋白质组学数据质量控制要点

1、重复样本RSD应<15%：评估样本间重复性。

2、峰形对称、无拖尾：判断分离性能。

3、dotp值>0.8为佳：碎片图谱与标准图谱匹配度高。

4、LLOQ信噪比>10：确保低浓度定量可靠。

百泰派克生物科技构建了严格的PRM数据分析体系，包括：

1、Skyline+Python自动化流程：提升批量数据处理效率，减少人为误差。

2、内标肽质量审查机制：确保每批SIL肽响应稳定，线性曲线可控。

3、QC标准制定与仪器监控体系：设置定期质控图谱，监控关键质谱参数（如RT、mass accuracy）。

4、跨批次一致性控制：使用Anchor肽段进行批次间归一化，确保纵向比较的科学性。

PRM蛋白质组学的数据处理不仅是一项技术操作，更是一套高度标准化与质量控制并重的分析体系。只有确保从原始数据到定量结果的每一步都精准可控，才能最大限度释放PRM技术在生物标志物发现与精准定量中的价值。百泰派克生物科技将继续优化PRM数据分析流程，助力科研客户实现高质量靶向蛋白定量研究。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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